Lost Planet 3 является предысторией других игр серии. Всеми известная планета "E.D.N. III" пока скована льдами и на неё только пришли первые колонисты от компании Neo-Venus Construction (NEVEC). И главный герой приквела - Джим Пэйтон, так же работает на данную компанию. Он старается исследовать территории этой планеты, чтобы заработать денег для своей семьи, что живёт на Земле, попутно исследуя тайны этой уникальной и очень динамичной планеты.