Сюжет данной игры разворачивается в очень далёком будущем, когда людской род уже давным-давно встретил инопланетную жизнь, смог вступить с ними в контакт и даже уже с большим успехом с ними взаимодействовать. Главный герой Капитан Шепард, которому выдаётся очень ответственное задание и связано оно с артефактом давно вымершей расы Протеан.