Как и в первом Prototype, в новой части имеются разные районы, которые делятся по уровню опасности. Казалось бы, что в новой части уже не осталось людей и ничего живого, ведь оригинал закончился тогда, когда Нью-Йорк был практически полностью разрушен. Но разработчики решили пойти несколько иным путем, чтобы история была более правильной и вменяемой. Во второй части имеется три зоны: «зеленая», «желтая» и «красная». Первая зона практически не опасна для населения, и люди, живущие в ней (как нам показали сами разработчики), могут спокойно ходить по улицам, ничего не опасаясь. «Желтые» зоны, в отличие от них, немного опаснее. Там до сих пор находятся зараженные мутанты, ведущие постоянную борьбу с солдатами. «Красные» участки — это земли, до предела набитые монстрами, готовыми при первом же виде убить вас и разорвать на части.
На смену героя, если кто не знает, пришел зараженный коп по имени Джеймс Хеллер. Главный герой Prototype убил всю его семью, и теперь Хеллер, набравшись сил и решимости, ищет его, чтобы за все отомстить. По набору суперспособностей он, кстати, практически не уступает самому Мерсеру, поэтому не стоит переживать, что играть за зараженного копа будет скучно.
К счастью для любителей оригинала, в игре сохранились и значительно доработались некоторые стелс-элементы. Главный герой так же может сменить свой облик по нажатию одной кнопки, и в нужное время превратиться, например, в обычного солдата — в таком случае гражданские даже не поймут, что рядом с ними ходит самый настоящий монстр. Но есть и плохие новости: в показанном билде все эти способности выглядели не так интересно, а даже наоборот — коряво и убого.
Другое дело — боевая система. За изменения, которые разработчики смогли в нее привнести, хочется поблагодарить каждого лично, потому что теперь драться с противниками стало намного веселее, а сами бои выглядят намного реалистичнее и взрослее. Проделанная работа очень много стоит, ведь раньше многие игроки переставали играть сразу после того, как поближе знакомились с боевкой. Противники вели себя как испуганные овцы, а красные тона портили общее впечатление просто на раз. Хочется отметить, что при возросшем количестве возможностей и отличной картинке прежней осталась динамика самой игры. Более того, сейчас Prototype 2 выглядит даже немного динамичнее оригинала, потому что в нем появилась возможность комбинировать умения во время драк. Благодаря этому изменению, расправляться с врагами стало намного интереснее и удобнее. В бою можно использовать самые разные способности, используя, к примеру, острые когти со слабыми и мелкими врагами, а массивные и опасные молоты — с сильными.
Один из разработчиков игры также отметил, что если вы хотите разобраться в сюжете игры и в том, как Хеллер потерял свою семью и кем он был до событий из оригинала, то вам обязательно придется проходить и все второстепенные миссии. В отличие от той же GTA, здесь побочные миссии не являются такими уж «побочными», и их прохождение несет намного больший смысл и пользу, чем дополнительные задания из других опенворлд-проектов.
